CGIの実行結果としてファイルを出力する時は誰でも読み書きできるよう、ディレクトリのパーミッションを0777にしておいてください。
一応#execの例
絶対パス
< !--#exec cgi="/cgi-bin/user/st-momo/env.cgi" -- >
相対パス
< !--#exec cgi="./cgi-bin/env.cgi" -- >
< !--#exec cmd="hoge/a.out" -- >
#include virtualの例
引数を与える時はこんな感じ
< !--#include virtual="/cgi-bin/user/st-momo/simple_counter.cgi?documentname=sample" -- >
絶対パス
< !--#include virtual="/cgi-bin/user/st-momo/env.cgi" -- >
相対パス
< !--#include virtual="../cgi-bin/env.cgi" -- >